Sau khi Thiên Kinh[3] thất thủ, hai phía nam bắc của Trường Giang vẫn còn tàn quân của họ đến mười mấy vạn người. Phía bắc Trường Giang còn quân đội của Lại Văn Quang, về sau đã gia nhập vào Niệm quân trở thành một bộ phận của đội quân này. Ở phía Giang Nam, quân đội do Thị Vương Lý Thế Hiền và Khang Vương Uông Hải Dương chỉ huy sau khi thất thủ Hàng Châu và Dư Hàng, vẫn còn đến hơn 10 vạn. Họ đã kéo vào Giang Tây, rồi lại tiếp tục kéo xuống phía Nam đến các vùng Thinh Châu, Long Nham, Chương Châu nằm về phía tây nam của Phúc Kiến. Đi tới đâu họ đánh chiếm tới đó, làm cho các địa phương liên tục dâng sớ về triều đình cầu cứu.

Triều đình lại sai Tả Tông Đường kéo quân xuống Phúc Kiến đảm nhận chức Tổng đốc Mân – Chiết, đồng thời chịu trách nhiệm trấn áp tàn quân Thái Bình kéo về đây. Tháng 10, Tả Tông Đường dẫn các bộ tướng cùng xuống Phúc Kiến để đánh dẹp tàn quân Thái Bình. Lý Thế Hiền, Uông Hải Dương bị quân Sở truy kích vào mùa xuân năm Đồng Trị thư 4 (1865), buộc phải chia thành nhiều cánh quân tiến vào vùng Quảng Đông. Trên đường đi họ phải đánh nhau nhiều trận và bị tổn thất nặng nề. Những cánh quân của Tả Tông Đường cũng truy kích theo thật sát, không buông tha và cũng đã truy kích tới Quảng Đông.

Tháng 7, Lý Thế Hiền bị Uông Hải Dương tàn sát, thế lực càng thêm yếu. Tháng 12, Uông Hải Dương lui vào châu Gia Ứng, tổ chức một cuộc chống trả cuối cùng. Cùng tháng, Tả Tông Đường chỉ huy các cánh quân phát động một cuộc tổng tiến công, tàn quân của Uông Hải Dương bị tiêu diệt hoàn toàn. Uông Hải Dương cũng bị trúng đạn chết giữa mặt trận. Quân Thái Bình rút chạy vào thành, suy tôn Tăng Vương Đàm Thế Nguyên lên thay. Nguyên vốn nhu nhược nên hoảng hốt vội mở cửa nam chạy ra.

Quân Thanh truy kích tới núi Hoàng Sa. Quân Thái Bình bị quân Thanh vây kín và bị giết chết, không còn sót lấy một mạng. Thái Bình Thiên Quốc tan rã hoàn toàn. Từ đó cuộc chiến tranh kéo dài 14 năm giữa Tương quân và quân Thái Bình kết thúc qua trận đánh của Tả Tông Đường.

Nhờ công lao này Tả Tôn Đường được triều đình gia phong tước Nghi Dũng Nhị đẳng bá.